De brouwerij werd in 1946 opgericht door Evarist Deconinck. Hij had sinds de jaren dertig een kaasmakerij in Watou, België. Hij sloot in die tijd een contract af met de paters van de Sint-Sixtusabdij van Westvleteren, die hun bier niet meer zelf verder wilden commercialiseren. De Poolse meesterbrouwer van de abdij van Westvleteren stapte over naar de nieuwe brouwerij van Deconinck, waar voortaan het bier Sint-Sixtus gebrouwen werd. De paters in de abdij brouwden enkel nog voor eigen gebruik. In 1959 besliste Deconinck om met de productie van kaas te stoppen en zich volledig toe te leggen op het brouwen. In 1992 werd de overeenkomst met de paters van de Sint-Sixtusabdij stopgezet, omdat de paters besloten dat alleen de bieren die gebrouwen werden binnen de muren van de abdij, het Authentic Trappist Product label mochten hebben. De bieren werden daarom in de brouwerij volgens de originele recepten verder gebrouwen onder de naam St. Bernardus.